Կառավարության որոշմամբ Էդվարդ Հովհաննիսյանը նշանակվել է Արմավիրի մարզպետ:
Նախկինում Հովհաննսիյանը զբաղեցրել է Պետական եկամուտների կոմիտեի նախագահի պաշտոնը՝2020 թվականի հունիսի 5-ից մինչև 2021թ․ օգոստոսի 3-ը։
2014-2016 թթ. Էդվարդ Հովհաննիսյանը եղել է ՀՀ Ֆինանսների նախարարության քննչական վարչության թիվ 1 բաժնի քննիչ, այնուհետև տարբեր պաշտոններ է զբաղեցրել ՊԵԿ-ում, 2019-2019 թթ. եղել է ՀՀ ՊԵԿ հետաքննության և օպերատիվ-հետախուզության վարչության պետ։
Էդվարդ Հովհաննիսյանը 2019-2020 թթ. եղել է Պետական եկամուտներիի կոմիտեի նախագահի տեղակալ։
2020 թվականի հունիսի 5-ին ՀՀ վարչապետ Նիկոլ Փաշինյանի առաջարկով` ՀՀ նախագահ Արմեն Սարգսյանը Էդվարդ Հովհաննիսյանին նշանակել է ՀՀ ՊԵԿ նախագահ